Сейчас попробую пояснить все. Имеется следующая структура:

site.com
- index.php
- application/
- files/
- img/

index.php - это точка входа для сайта, все контроллеры должны обрабатываться только через нее. index.php сам подключает нужные файлы из папки application. Изменять директории уже нельзя, так как придется переписывать весь роутер сайта и вообще кучу всего переделывать.
Потому хотелось бы, чтобы при прямом запросе на какойто из файлов php директории application/ и всех вложенных происходил редирект на index.php.

Сейчас же вот это правило, что ниже просто вызывает запрашиваемый файл, что есть не гуд.
location / {
try_files $uri /index.php?r=$uri&$args;
}