Поставил, но прямой доступ к файлам остался.
То есть вот такое http://site.com/application/startup.php вызывает этот файл, хотя нужно бы просто перекинуть на index.php.
Может быть чуть не так объяснил я, просто нужно запретить вызов всех файлов напрямую, которые лежат дальше index.php в подпапках. Чтото вроде как deny from all в апаче, только тут редиректить на index.php.