>> Приведите конфиг целиком, тогда можно будет что-то сказать.
Это и есть почти полный конфиг, так как после всех неудачных попыток почистил до исходного. Внизу только кусок:
server {
server_name rpl.site.com;
listen 80;
location / {
proxy_pass http://127.0.0.1:8088;
}
}
Он для dklab_realplexor, но на остальные части конфига влиять не должен.

Если все сказанное в первом посте подытожить, то нужно сделать человеческий редирект на index.php?r=index/index (только если запрос к пхп-файлам и папке) и два поддомена (для картинок и файлов).

Пробую делать так (этот кусок вставляю ниже того, что в первом посте):
server {
server_name files.site.com;
listen 80;
root /home/www/site.com/files;
#location / {
#root /home/www/site.com/files;
#}
}

}
При запросе на http://files.site.com/main.css - 403 Forbidden. Но файл лежит в /home/www/site.com/files/main.css