УРА! Не знаю что произошло, но сейчас всё заработало как надо!!!
В общем всё свелось к "играм" с mime.types и ничего существенного с конфигом сервера не делал только повыкидывал чуть чуть.
Публикую для истории и таких-же неудачников как я кусок своего рабочего конфига nginx.conf касаемо автонастройки:
# Виртуальный хост
server {
listen 80;

server_name wpad.mydomain.org www.wpad.mydomain.org;

location ~ /wpad.dat {
root /autocfg;

}

location ~ /proxy.pac {
root /autocfg;
rewrite . /wpad.dat;
}
}

В файл mime.type записано:
application/x-ns-proxy-autoconfig dat;
application/x-ns-proxy-autoconfig pac;

Так и не понял что ему нужно было, но сейчас всё работает. Пойду ещё гоги посмотрю, если пойму причину проблему - отпишусь.

Всем принимавшим участие в дискуссии огромное СПАСИБО! Без Вас у меня бы точняк ничего не вышлобы :)