второй вариант - оно самое.

если вы не работали с кодеигнитером: в этом фрейворке работает на принципе роутинга запросов, запросы вида site.ru/users/profile/45 есть site.ru/index.php/users/profile/45 и фреймворк ищет сначала файл контроллера users.php,в нём ищет метод profile, метод подгружает определёные вьюшки. так вот так как нет файла контролера system то на запрос site.ru/system/config/config.php кодеигнитер подгружает ексепшион и отдаёт 404 ошибку.