погуглил. справился так: изменил server конфига на следующее (ещё раз напомню что использую codeigniter поэтому там такие пляски с index.php):

[code]
server {
listen 80;
server_name site.ru;
root /home/site.ru/data/www/site.ru;

location = / {
rewrite ^ /site.ru/ last;
}

location = /index.php {
rewrite ^ /index.php/ last;
}

location / {

if ($host = 'www.site.ru' ) {
rewrite ^/(.*)$ http://site.ru/$1 permanent;
}

try_files /maintance.html $uri $uri/ @codeigniter;
}

location @codeigniter {
fastcgi_index index.php;
include /usr/local/etc/nginx/fastcgi_params_copy;

fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root/index.php;
fastcgi_param QUERY_STRING $uri;

fastcgi_pass backend;
}

location ~* \.(jpeg|jpg|gif|png|css|js|ico)$ {
root /home/site.ru/data/www/site.ru/system/application;
}
}
[/code]