Направление понял вроде. Получилось:
[code]
location ~* "/project/files/([0-9]+)/((.{2}).+)" {
root /var/www/project/webroot/files;
try_files /$1/$2 /$1/$3/$2 =404;
}
[/code]
И все работает. Спасибо за помощь.