Разобрался, отвечу сам себе, вдруг кому поможет.

location /webmail {
root /var/www; - тут убрать webmail
location ~ \.php$ {
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $realpath_root$fastcgi_script_name; тут $document_root заменить на $realpath_root
}
}

Теперь FastCGI видит все пути правильно.