отключение данной директории(просто переименовав в /etc/nginx/vhosts-includes_) снижало время на перечитывание до 1.8-2сек, что в 2-3 раза быстрее.

и проблема не в числе инклюдов, а в том что перечитываеться один и тот же файл(что идет в инклюде каждого хоста) множество раз, хотя логично было бы его перечитать 1 раз.