Ничего не генерится, файлы лежат на диске, созданы один раз и записаны на диск. Nginx должен сжать его на лету и отдать, вот, что от него требуется, он это выполняет, но иногда в кэше браузера/клаудфлера лежит обрезанный файл, например половина его (уже разжатый, тупо не весь, не хватает куска кода в конце файла) возникает ли ошибка при разжатии я не знаю, видно только, что файл читаемый, но код не полный, чаще только половина его) я так понял, что в процессе передачи или упаковки возникает какая-то проблема и nginx принимает файл от другого nginx/браузера без проверки его на целостность...Размеры файлов не более 20кб.
Вопрос такой: возможно ли распаковать архив, если он получен не полностью? (Тк тест в js файла читаемый, но файл состоит только из половины того, что должно быть)

Если gzip архив можно распаковать, получив только половину файла, то может быть проблема в передаче и не удостоверении, что файл передан полностью.

Если архив невозможно распаковать, не получив полностью, значит проблема в упаковщике.