Maxim Dounin Wrote:
-------------------------------------------------------
> Всё это выглядит как ошибка ядра. Во FreeBSD 11 был существенно
> переделан sendfile() в части работы с флагом SF_NODISKIO -
> возможно, имеет смысл попробовать выключить sendfile и/или aio.

Всё равно ошибка:
2016/09/20 03:48:14 [crit] 16449#0: close() socket 44 failed (9: Bad file descriptor)
2016/09/20 03:49:02 [info] 16449#0: kevent() failed (4: Interrupted system call)

44 сокет не показывается в lsof на момент зависания.
Cокеты эти для соединений используется:
nginx 26627 www 44u IPv4 0xfffff80025951410 0t0 TCP domain.ru:http->176-106-199-5.point.lviv.ua:28084 (ESTABLISHED)