> А от его необработки - теряется корректность возвращаемых ответов,
> и, e.g., клиенту, который не понимает gzip, может быть возвращён
> сжатый ответ из кеша. Т.е., фактически, клиент не получит ответ.
> И, более того, администратор сможет узнать об этом только в том
> случае, если пользователь сам пожалуется.

Это не совсем так, если ответ бекенда зависит от заголовков, значения этих заголовков добавляли в ключ кеша, самостоятельно, в противном случаи клиенты бы получали не корректные ответы, кстати автор сабжа делал так же, плюс отдавались правильные заголовки Vary, для прокси и поисковых роботов, это уже давняя практика.

Проблема в том, что тогда ещё никто не знал, что Nginx в будущем будет автоматически обрабатывать Vary.

По этому я предложил, по умолчанию Vary не обрабатывать, но возможно достаточно описать Vary в документации про ключи кеширования Nginx и люди самостоятельно будут обновлять свои конфигурации.