Да. Все права проверил. Копировал тот же пользователь свои же файлы. Он был владельцем стараых и стал владельцем новых. Старый сайт работает, новый нет.
Кроме того сделал такую штуку:
sudo su - s www-data
lsl -l /home/user/html-bc/test.php
cat /home/user/html-bc/test.php
доступ есть - и на чтение директории и на чтение файла.
У меня уже просто крыша едет - не могу понять в чём проблема, каких ещё пермишенов не хватает.