> Проблема в том, что периодически, раз в 10-20 секунд nginx подгружает
> диск записью на 2-5 секунды, изза этого случается лаг и например ответ
> от веб сервера можно ждать несколько секунд.

Возможно это результат процесса “cache manager” и/или "cache loader"
Почитать можно здесь
http://nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_fastcgi_module.html#fastcgi_cache_path