как найти путь разобрался. для levels=1:2
путь будет

$fileName = md5($nginxKey);
$cacheFile = "/path/to/cache/".substr($fileName ,-1,1).'/'.substr($fileName ,-3,2).'/'.$fileName ;

но все равно интересен вопрос, нет ли родного механизма для сброса кеша?