Роман пишет:
> Стоял 0.7.62, апнулся на 0.7.63
>
> nginx -V
> nginx version: nginx/0.7.63
> configure arguments:
> --http-client-body-temp-path='/var/tmp/nginx/client_body_temp
> --http-proxy-temp-path=/var/tmp/nginx/proxy_temp
> --http-fastcgi-temp-path=/var/tmp/nginx/fastcgi_temp
> --http-log-path=/var/log/nginx/access.log
> --error-log-path=/var/log/nginx/error.log'
>
>
> вроде бы ничего не менялось в плане сборки
> а вылазит

Пути могут браться либо из конфига, либо из дефолтов.
Укажите полный путь в конфигах к логам.
Проверьте, что запускается именно тот бинарник nginx, который вам нужен
(например, указав полный путь к нему, предварительно запустив с -V и -t)