> я так понимаю суть останется прежней - ведь модуль upload сначала
> сохраняет POST в файл, потом только вызывает скрипт.

upload module на лету вырезает файл из POST запроса и сохраняет его во
временный файл на диске.
Затем вы можете скрипту передать путь к этому файлу и делать с ним что
хотите (смувить, удалить и т.д.)

> Эта ссылка не рабочая. При попытке туда зайти - Service Unavailable.

Гугл вам в помощь http://wiki.nginx.org/NginxHttpUploadProgressModule

> У флеша есть еще тот минус, что не у всех он установлен. У некоторых
> заблокирован.

Сразу вспоминается поговорка, и рыбку съесть, и ...
Нет у человека флэша - пусть загружает обычным способом и не видит
прогресса.
Хочет прогресс - пусть ставит/разблокирует флэш.
ИМХО.