Погуглил и не нашел ответа.
Nginx 1.04 debian x64.
Необходимо запаролить доступ к локации. Внес изменения в конфиг, перезапустил nginx.
И если зайти по ссылке http://www.site.ru/tools все нормально-выдает форму для логина и пароля. А вот если указать полную ссылку http://www.site.ru/tools/script.php - открывает скрипт без всякой формы для ввода логина-пароля.
Изменения в конфиге ниже:
location /tools/ {
root /var/www;
auth_basic "closed site";
auth_basic_user_file conf/htpasswd;
access_log logs/tools_access.log combined;
}