проблема была частично решена в 0.8.54, после перехода на эту версию, и после того как мы убрали передачу в fascgi_param HTTP_COOKIE $http_cookie график активных соединений принял вид [img]http://i.piccy.info/i5/51/37/943751/active_conections.png[/img]
ступенчатые скачки все же иногда появляются, но их значительно меньше, и через некоторое время после этих скачков счетчики соединений пересчитываются самостоятельно до адекватных значений.