Вылечил примерно так:
location /pma/ {
alias /usr/local/www/phpMyAdmin/;
index index.php index.html;
}
location ~ ^/pma/.*\.php$ {
rewrite ^/pma(/.*)$ $1 break;
fastcgi_pass unix:/tmp/php.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME
/usr/local/www/phpMyAdmin$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
fastcgi_param DOCUMENT_ROOT /usr/local/www/phpMyAdmin;
}

т.е. добавил rewrite, обрезающий /pma
Есть ли способ лучше?