Проблема с появлением пустой страницы установки базы сайта неожиданно пропала через некоторое время после переустановки PHP. Была обновлена версия с 4.4.13 на 4.4.14 и немного расширен состав установки.
Очень странно то, что заработало не сразу после переустановки, а лишь через несколько часов. Но поскольку заработало при старых конфигах сервера, то думать кроме как на PHP больше не на что.
Для nginx можно полагать, что переустановленный PHP не подхватился, поскольку не был перезапущен spawn-fcgi.
Но параллельно для проверки использовался apache (на нём тоже обнаружился глюк с пустой страницей, из-за чего был переустановлен PHP). И несмотря на рестарт он тоже не подхватил сразу PHP, что уже загадка.

Для приведённого выше конфига nginx осталась нерешённой проблема с адекватной апачу обработкой ссылок.
Например, там сейчас неправильно следующее:
1.При попытке перехода по ссылке на текстовый файл http://site.ru/robots.txt файл не отображается в браузере (хотя должен).
2.При попытке перехода по ссылке на текстовый файл http://site.ru/install-ru.txt, который должен быть недоступен, файл отображается в браузере.
3.Если переходим, например, на страницу http://site.ru/category/bio, то не подцепляются css.
Исходный путь для css: http://site.ru/application/maxsite/templates/default/style.css
Когда переходим на страницу http://site.ru/category/bio, то в путь к css добавляется category и получается:
http://site.ru/category/application/maxsite/templates/default/style.css

4.Происходит накапливающееся добавление к адресной строке последней упоминаемой директории в uri. Например, при нахождении в http://site.ru/install/category/phisic и нажатии на ссылке "phisic" получаем переход на:
http://site.ru/install/category/category/phisic и т.д.
Ещё происходит такое. Например, ссылка на главной странице: http://site.ru/category/bio
Переходим на страницу http://site.ru/page/hello-maxsite-cms. В адресной строке получается:
http://site.ru/page/category/bio

Буду очень признателен за помощь.