Добрый день!

Подскажите, возможно ли реализовать средствами nginx логику разбиения поддоменов на папки?

К примеру
есть поддомен 12345.static.site.com
Он лежит в /var/www/sites/1/2/12345/files/

т.е. первые два уровня вложенности - это первые знаки поддомена

В стандартной поставке nginx можно сделать
server_name ~^(?<id>.+)\.static\.site\.com$;
root /var/www/sites/$id/files/;

но я не нашёл способа разбить по подпапкам (вроде $id[0]/$id[1]/).

Сталкивался кто-то с подобной задачей?

Как-то так, наверное:
server_name ~^((.)(.).+)\.static\.site\.com$;
root /var/www/sites/$2/$3/$1/files/;

yz-ripe