Странно, но вот такой реврайт позволяет исправить данную проблему
rewrite ^(.*)(php|html)(\&|\?)(.*)=(.*)&(.*)=(.*)&(.*)=(.*) $1$2?$4=$5&$6=$7&$8=$9 permanent;
rewrite ^(.*)(php|html)(\&|\?)(.*)=(.*)&(.*)=(.*) $1$2?$4=$5&$6=$7 permanent;
rewrite ^(.*)(php|html)(\&|\?)(.*)=(.*) $1$2?$4=$5 permanent;

В принципе работает
Однако понятно что конструкция получилась корявая
Целых 3 строчки
Так сделано потому что параметров может быть 3, 2, или 1
А если их будет например 4, то мне уже просто не хватает переменных
Может подскажете как сделать правильно?