Решено уже. Предлагаю посмотреть эти ответы http://serverfault.com/questions/406532/i-o-error-with-php5-fpm-ptracepeekdata-failed http://indude.com/php-fpm-error-solved-failed-to-ptrace-peekdata-pid-input-output-448 похоже дело в в директиве request_slowlog_timeout.by DruMMer - Php-fpm Mailing List - Russian