Пожалуйста проголосуйте за внедрение. Данная опция необходима для установки системной tmp директории внутрь open_basedir каждого пула.

Пример:
/etc/php5/fpm/pool.d/example.com.conf
[example.com]
include=/etc/php5/fpm/default

/etc/php5/fpm/default
php_admin_value[open_basedir] = /var/www/$pool/
php_admin_value[system_tmp_dir] = /var/www/$pool/tmp/

https://bugs.php.net/bug.php?id=60524&thanks=6