Предложение по установке: может лучше запрещать инсталлеру
перезаписывать php-fpm.conf? или хотя бы бекапить старый?

Yes.
Its commited in revision 103. To be available on Launchpad next month.
Can get r103 early by downloading from here:

http://php-fpm.org/downloads/0.6/archive/

2009/10/22 Rauan Maemirov <rauan@maemirov.com>:
> Предложение по установке: может лучше запрещать инсталлеру
> перезаписывать php-fpm.conf? или хотя бы бекапить старый?
>