проблему нашли у себя в Uploader'e. будем менять.

Видимо phpHqs8zF файл не успевал скопироваться из тела запроса Nginx.
В конце Upload управление передавалось на php и клиент отваливался с 499 ошибкой(хотя иногда даже при 499 всё было ок).
Nginx закрывал соединение с Upstream и php наверное прекращаял выполнение так и неуспев скопировать файл.