[code]location ~ ^/upper/(.*\.php)$ {[/code] и что значит звездачка, чисто расширение php, и какой смысл в скобках?

[code]location ~ ^/upper/.+\.php$ { }[/code]
и
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /path/to/upper/$1;
замени на
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /path/to/upper$fastcgi_script_name;