Курение манов и эксперименты с логированием (закомменченно) привели меня куда следует.
Проблема была в том, что в виртуальном nginx'е $proxy_add_x_forwarded_for был равен списку вида: "94.232.236.85, 1.1.1.1", т.е. ip клиента и ip сервера, а апач просто прал последнее значение и не замарачивался.

Как-то это криво, но всё-таки вот такое получилось решение...

Основной:
[code]
location / {
proxy_pass http://1.1.1.3:80;
proxy_read_timeout 300;
proxy_set_header Host $http_host;
proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
proxy_set_header realip $remote_addr; # внимание!
}
[/code]


Виртуальный:
[code]
location / {
limit_req zone=one burst=5 nodelay;

# log_format proxy $remote_addr || $http_realip || $proxy_add_x_forwarded_for;
# access_log /home/maptype/vhosts/new.maptype.com/logs/nginx_to_apache_log proxy;

proxy_pass http://127.0.0.1:8088;
proxy_read_timeout 300;
proxy_set_header Host $http_host;
proxy_set_header X-Real-IP $http_realip;
proxy_set_header X-Forwarded-For $http_realip;
proxy_set_header realip ""; # чистим мусор
}
[/code]


Всем спасибо, вы толкнули меня в правильном направлении.