> Правильно ли я понял, лучше убрать папку public и содержимое сайта переписать в /home/site.ru/ ?

правильно,
только я про надлежащие каталоги ничего не говорил -- не играют роли.

пусть каталог содержащий страницы виртуального хоста pupkin.example.com
носит имя pupkin.example.com

и вы сразу избавите себя от лишних ошибкогенных танцев в конфиге, а
работать оно на какую-то каплю станет быстрее.

идите смотреть
http://sysoev.ru/nginx/docs/http/ngx_http_core_module.html#variables

_______________________________________________
nginx-ru mailing list
nginx-ru@nginx.org
http://nginx.org/mailman/listinfo/nginx-ru