Эти варны возникли при чтении конфига после обновления до nginx с 1.14.2 до 1.16.0 (ОС: FreeBSD 11.2).
Даунгрейд до 1.14.2 убирает сообщения..
Используем сертфикаты Let's Encrypt и клиент acme.sh

Конфиг SSL Stapling:

ssl_stapling on;
ssl_stapling_verify on;

Типичный конфиг домена (коих много):

ssl_certificate /home/acme/.acme.sh/example.com/fullchain.cer;
ssl_certificate_key /home/acme/.acme.sh/example.com/example.com.key;

Внутри fullchain.cer сидят два сертификата, второй из которых всегда одинаков для всех.