> Наиболее вероятную причину я озвучил тут:
> http://mailman.nginx.org/pipermail/nginx-ru/2018-April/061095.html
> Если предположение верно, то исправлять нужно конфигурацию.

Я спустя двадцать минут ответил — https://forum.nginx.org/read.php?21,279356,279365#msg-279365
Не думаю, что дело в переменных $handler и $querystring они в ключе кэширования не используются.

В ключе кэширования используется $uri, который, как известно, в SSI-подзапросе не равен $request_uri, а указывает на URI подзапроса.
И пока дело не доходит до фонового обновления кэша всё в порядке.

Но, перезапись происходит ещё и в другой cache_path!
Основной запрос использует путь /cache/pages/, а SSI-подзапрос использует путь /cache/banners/.
И последний умудряется перезаписать файл первого.

Думаю, что это всё же ошибка в nginx, а не в моей конфигурации.

> (А, ну и судя по всему форум опять промотал письмо. Не пользуйтесь им, мы не просто так выпилили на него ссылки с nginx.org.)

К сожалению, иными способами пользоваться этим форумом я не умею.