Надежда, Ваши вопрос по сути не имеют отношения к nginx, они больше про структуры каталогов *nix систем.

В частности директория conf.d обычно используются для хранения файлов конфигураций модулей nginx.

Кроме того, там часто хранятся инклюды в конфигурационные файлы, например локейшн /phpmyadmin для того, чтобы включать его во все конфигурации сайтов, тогда у любого домена который есть на этом сервере написать http://domain.tld/phpmyadmin откроется PhpMyAdmin.

Кроме того, обычно в директории /etc/nginx содержится две директории sites-enabled и sites-available. Они и содержат конфигурационные файлы сайтов.

Файлы конфигураций существующих на сервере сайтов располагаются в директории sites-available.

Директория sites-enabled нужна для хранения конфигураций только активированных сайтов. Обычно там содержаться символьные ссылки на конфигурационные файлы, находящиеся в sites-available.

Если таких директорий нет, то их можно создать самостоятельно. Вообще же, это не догма, они могут располагаться где угодно и называться как угодно. Важно их подключить правильно в файле nginx.conf. Это главный конфигурационный файл nginx.

И собственно ответ на последний вопрос: "Где должна располагаться папка с документами сайта?"
Ответ простой - там где Вы укажете. Расположение директории с документами сайта определяется директивой root в секции server конфигурационного файла конкретного сайта.

С уважением, Константин