Да проксирует, так получилось что на этом сервер есть и php-fpm и apach. Пробовал и туда (fastcgi_pass) и туда (proxy_pass) с одинаковым результатом - пока нет https все работает.
При proxy_pass ставил заголовок
proxy_set_header Accept-Encoding "";
proxy_cache off;
proxy_pass http://backend1;
gzip off;

Сам sub_filter выглядит так:
sub_filter 'name="Login" tabindex="4" 'name="Login" tabindex="4" autocomplete="off" ';
sub_filter_types "*";
sub_filter_once off;

Все это работает только в случае когда сайт остается по http, а сайт по https делается отдельным конфигом и proxy_pass к сайту по http.
Но это не должно так быть!