Изменение версии не помогает. В других инклудах ничего нет связанного с прокси нет. /etc/nginx/conf.d/ содержит пустой файл default.conf, что касается /etc/nginx/vhosts-includes, то вот они:

location /afterlogic/ {
alias /usr/local/mgr5/www/webmail-afterlogic/webmail/;
index index.php;
error_page 404 @apache;
}
location ~ ^/afterlogic/(.+\.php)$ {
alias /usr/local/mgr5/www/webmail-afterlogic/webmail/$1;
fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm.apache.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $request_filename;
include fastcgi_params;
error_page 502 = @apache;
error_page 404 = @apache;
}
location @apache {
error_log /dev/null crit;
proxy_pass http://127.0.0.1:8080;
proxy_redirect http://127.0.0.1:8080 /;
proxy_set_header Host $host;
proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
}


location @blacklist {
proxy_redirect off ;
proxy_pass https://194.67.215.125:1500;
rewrite (.*) /mancgi/ddos break;
proxy_set_header Host $host;
proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
proxy_set_header X_ISP_FIREWALLSEC строка;
}

location /phpmyadmin {
alias /usr/share/phpMyAdmin;
index index.php;
}
location ~* ^/phpmyadmin/(.+\.(jpg|jpeg|gif|css|png|js|ico|html|xml|txt))$ {
alias /usr/share/phpMyAdmin/$1;
error_page 404 @apache;
}
location ~ ^/phpmyadmin/(.+\.php)$ {
alias /usr/share/phpMyAdmin/$1;
fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm.apache.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $request_filename;
include fastcgi_params;
error_page 502 = @apache;
error_page 404 = @apache;
}
location @apache {
error_log /dev/null crit;
proxy_pass http://127.0.0.1:8080;
proxy_redirect http://127.0.0.1:8080 /;
proxy_set_header Host $host;
proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
}

location ^~ /phpmyadmin/setup {
deny all;
}

Но css обрабатывается в файле /var/www/losst/data/www/losst.ru/nginx.conf:

location ~ \.(css|htc|less|js|js2|js3|js4)$ {
access_log /var/log/nginx/access_css.log;
expires -1s;
add_header Pragma "public";
add_header Cache-Control "max-age=-1, public";
add_header X-Powered-By "W3 Total Cache/0.9.5.1";
try_files $uri $uri/ $uri.html /index.php?$args;
}

Даже строка try_files $uri =404; выдает старую версию файла (файл же берется из диска?). Но если заменить $url на что-то не существующее, то получаем 404, например try_files $uri/foobar =404; Файл возвращается при отключенном php, и apache.