Вот формат логов заданный для nginx в конфигурации:
log_format main '$remote_addr - $remote_user [$time_local] "$request" '
'$status $body_bytes_sent "$http_referer" '
'"$http_user_agent" "$http_x_forwarded_for" "$upstream_response_time"';
И вот что пишется в лог-файл:
93.158.152.83 - - [27/Dec/2016:15:14:27 +0500] "GET / HTTP/1.1" 301 185 "-" "Mozilla/5.0 (compatible; YandexBot/3.0; +http://yandex.com/bots)" "-" "-"
95.108.129.196 - - [27/Dec/2016:15:16:22 +0500] "GET / HTTP/1.1" 301 185 "-" "Mozilla/5.0 (compatible; YandexMetrika/2.0; +http://yandex.com/bots mtmon01e.yandex.ru)" "-" "-"
Вместо значения $upstream_response_time показывает прочерк. Почему так, если вы пишите, что переменная доступна по умолчанию?