>> Никаких специальных опций для configure не нужно, этот код собирается
>> по умолчанию.
Т.е. вы хотите сказать, что если у меня на сервере ранее был установлен nginx, то переменные $upstream_connect_time, $upstream_response_time должны быть доступны для использования?

>> Чтобы ничего не собирать сейчас и в будущем, настройте репозиторий и
>> установите бинарный пакет, который мы для вас уже собрали.
Репозитарий nginx я настроил. Что значит "бинарный пакет, который мы для вас уже собрали"? Имеется ввиду собрали сейчас или собрали когда вышел nginx-1.10.1? Сейчас установлен nginx-1.10.1 из репозитария Ubuntu 16.04 имеет ли смысл его переустанавливать на ваш или указанные выше переменные $upstream_connect_time, $upstream_response_time должны быть доступны и в установленной версии из репозитария Ubuntu?