Поправка: промежутков всё таки 6, но тем не менее.
Есть даже местами и по 8:

08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=1.337
08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=1.279
08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=0.047
08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=0.614
08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=1.428
08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=0.506
08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=0.239
08/Aug/2016:14:17:53 +0300 200 site.com upstream_response_time=0.008

Или временная метка - это таки время выдачи ответа, т.е. из него нужно вычитать upstream_response_time, чтоб получить время прихода запроса ?