Вообщем нашёл как сделать, редактирование init совсем не помогало. Дело в особенности centos 7, для тех кому интересно, решение limit for master process nginx в centos 7:
открываем файл /usr/lib/systemd/system/nginx.service

добавляем сразу под [Service] строку LimitNOFILE=60000, сохраняем.
выполняем systemctl daemon-reload, затем service nginx restart.