Здравствуйте, Михаил.

Спасибо за ответ, с данной позицией я уже сталкивался в интернете.

Я не владею подробностями как работает кэширование файлов со стороны ядра Linux. Но как я понимаю разница будет в том, что со стороны кэширования Nginx этот процесс более управляемый. Например, можно задать proxy_cache_min_uses и proxy_cache_valid, тем самым насильно хранить в кэше наиболее востребованные файлы.
Указанные в конфиге значения ряда переменных чисто тестовые, ряд из них специально уменьшен.

Для остальных, менее загружаемых файлов, на сервере остается прилично свободной оперативки под кэш силами операционки.