Упростил схему.
1. из dav_methods изъял PUT
2. отключил луа авторизатор
тестил BitKinex'ом

Результат: метод PUT не блокирует nginx, хотя он запрещён в модуле DAV.
то есть всё как было. сначало принимаем большой файл, а потом говорим, что нам этого нельзя.

server {
listen 80;
server_name dav.example.com;
server_name_in_redirect off;
access_log /var/log/nginx/dav-access.log main;
location / {
access_by_lua_file /etc/nginx/lua/auth-dav1.lua;
dav_methods DELETE COPY MOVE;
dav_ext_methods PROPFIND OPTIONS;
create_full_put_path on;
dav_access user:rw group:rw;
client_body_temp_path /opt/itcod-dav.tmp/;
client_max_body_size 0;
autoindex on;
root /opt/home/;
}
location ~/\.ht {
deny all;
}
}