Отключение sendfile, кстати, помогло, но почему-то начал менятся response time с 2-4мс иногда до 600мс. Такое ощущение что ошибка изменилась на задержку.

В код никаких изменений не вносилось... По логам только прошелся replace'ом, заменив ip и хосты, поскольку в паблике.

nginx version: nginx/1.4.2
built by gcc 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3) (GCC)
TLS SNI support enabled
configure arguments: --prefix=/etc/nginx/ --sbin-path=/usr/sbin/nginx --conf-path=/etc/nginx/nginx.conf --error-log-path=/var/log/nginx/error.log --http-log-path=/var/log/nginx/access.log --pid-path=/var/run/nginx.pid --lock-path=/var/run/nginx.lock --http-client-body-temp-path=/var/cache/nginx/client_temp --http-proxy-temp-path=/var/cache/nginx/proxy_temp --http-fastcgi-temp-path=/var/cache/nginx/fastcgi_temp --http-uwsgi-temp-path=/var/cache/nginx/uwsgi_temp --http-scgi-temp-path=/var/cache/nginx/scgi_temp --user=lenta --group=www --with-http_ssl_module --with-http_realip_module --with-http_addition_module --with-http_sub_module --with-http_dav_module --with-http_flv_module --with-http_mp4_module --with-http_gzip_static_module --with-http_random_index_module --with-http_secure_link_module --with-http_stub_status_module --with-http_geoip_module --with-file-aio --with-debug --with-cc-opt='-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic'