В целом (99%) конфигурация не зависит от ОСи, на которой он работает, но могут быть ньюансы:
- "Методы обработки соединений" http://nginx.org/ru/docs/events.html
- расположение папки с временными файлами (в разных ОСях её и даже родительской папки может не существовать).
- тюнинг под разные файловые системы
- инклуд конфигов ()

Возможно что-то ещё-то очень узко-специфическое.