Если уж быть совсем точным, то модуль должен быть один, просто чтобы можно было зону строить как угодно.

Ограничение скорости отдачи на IP (per IP):

zone $binary_remote_addr zone=name limit=200kb/s
формула скорости - ("n" килобайт / count (zone name))

Ограничение скорости отдачи на хост (per Host):

zone $host zone=name limit=200kb/s
формула скорости - ("n" килобайт / count (zone name))

Ограничение скорости отдачи на локейшен (per URL):

zone $host$request_uri zone=name limit=200kb/s
формула скорости - ("n" килобайт / count (zone name))

Описал своими словами как я это понимаю. Естественно как оно всё внутри устроено разработчикам виднее...