gstat показывает запись на hdd, lsof никакой разницы между открытыми на запись файлами в момент проведения теста и в момент бездействия не находит. Пересобирать nginx не вариант, т.к все ставилось вместе с ISP Manager, неизвестно какие опции применялись при установке пакетов. Да и сервер скорее боевой чем тестовый, сильно ломать его неохота.