Спасибо. Да вы правы. Имеются такие параметры:
open_file_cache max=2000;
open_file_cache_valid 1360s;
open_file_cache_min_uses 3;
open_file_cache_errors on;

По сути все устраивает, файлы не так часто меняются. Значит сбросить кэш автоматически через query_string не получиться в таком случае?