Странно, я добавил в log_format переменную $upstream_addr и ровно во всех строчках лога, содержащих код 499, вижу упоминание об адресе одного из серверов, перечисленных в секции апстрима, из чего я делаю вывод, что на сервер все же ходили.

Также странно, что нет ровно ни одного упоминания о переадресации на локейшен /failover, о чем сказано в доке ("Если произошло внутреннее перенаправление... с помощью ...error_page").

Директивы limit_req в наших конфигах нет.