Никогда не использую сабдомен www в проетах, и обычно на всякий пожарный добавляю редиректы такого вида.
if ($host = "www.site_name") {
rewrite ^/(.*)$ http://site_name/$1 permanent;
}
Возможно автоматизировать данный конфиг для "мультидоменности".
Что то вроде
server_name www.*
#тут редирект на домен без www
В голову приходит только пропустить $host через регулярку.