Да, regExp отработал так, как нужно, возникли проблемы с root путем, но это решила с помощью символической ссылки, а с самим регулярным выражением проблем нет, преобразовывает все правильно:

location /my-context/ {
rewrite ^/my-context/([0-9]+)/(.*)$ /folder/folder/$1_$2/ permanent;
}