1. Если речь о listen *:80 - то понятно, но nginx.conf содержит - server_name _; который покрывает все.
2. Не совсем врубился, я и так пишу в nginx.conf, корневой конфиг! Там где не перекрыто другими конфигами - оно и срабатывает, т.е. подключено по умолчанию.
3. Да, действительно, убрал /files из root /home/www; и заработало, т.е. вложенный путь получался. Но работает только для тех доменов, которые в конфигах я не переопределил (имею ввиду инклуд конфигов для доменов), но я так понимаю так и должно быть, иначе как бы nginx обрабатывал запросы к этим доменам..
Большое спасибо за ответы!